El Programa de Investigaciones e Intervenciones Territoriales tiene como objetivo principal promover la  formulación y ejecución de proyectos ligados al estudio e intervención del espacio geográfico local, regional y nacional.
El Programa contempla la segmentación de su trabajo en dos unidades:

Unidad de Investigaciones y Estudios Territoriales, que se encuentra priorizando su trabajo a nivel de proyectos financiados por fondos regulares (CONICYT, NTI, CLACSO, etc) y no regulares (PNUMA, BID, etc.) para el desarrollo de ciencia genérica.

-Unidad de Intervenciones Territoriales,  que se encuentra priorizando su trabajo a nivel de proyectos financiados por fondos regulares (Chile Compra) y no regulares para el desarrollo de ciencia aplicada. Asimismo esta unidad se ha propuesto como meta el acompañamiento a actores que promueven la transformación del espacio social. Actualmente se encuentra instalado un centro de recursos para la promoción aprendizaje geográfico (Proyecto ProAG)  y un dispositivo de Aprendizaje de Servicio, que trabaja con temas de urbanismo y patrimonio.